南海珊瑚岛礁地质环境过程表现为不同时空尺度的自身地质地貌发育过程和外部气候环境影响过程。珊瑚岛礁的不同地质环境过程造就了珊瑚岛礁特有的地形地貌和物质组成、地层结构，表现出独特的工程地质特性。珊瑚岛礁工程地质特性的掌握是开展岛礁工程建设的关键。中心主要开展珊瑚岛礁的现代生物-水动力-地貌过程、珊瑚岛礁的构造-沉积地质过程、珊瑚岛礁区气候环境和海平面变化等领域的研究。揭示南海珊瑚岛礁现代生物-动力-地貌过程耦合作用机制，完善现代南海自然灰沙岛和人工灰沙岛形成发育演化理论；揭示南海珊瑚岛礁沉积结构和发育演化历史，提出基于南海海盆发育演化背景下的南海珊瑚岛礁形成发育模式；提出珊瑚岛礁地质环境对气候环境变化的响应及预测模型。

成立岛礁地质稳态研究中心，集力开发新的珊瑚岛礁现代过程动态监测技术应用及专利和规范，建立珊瑚岛礁现代过程长期观测站；揭示珊瑚岛礁工程地质特性；建立吹填岛体工程地质评价方法与技术体系。提出自然环境变化和工程影响下的珊瑚岛礁治理与修复对策与技术，为深入开展南海珊瑚岛礁工程建设提供指导和技术支持。