热带岛礁生态系统的保护和开发利用是我国海洋权益主张的生命线。中心通过研究岛礁海洋生态系统健康状况、结构与功能，评估气候变化与环境压力对热带岛礁生态系统的影响，建立热带岛礁生态系统健康评价体系。开展造礁/护礁功能生物的繁育、养成、移植、增殖与养护等关键技术研发，在人工灰沙岛生态适应性评估的基础上设计全息多格局岛礁海洋生态系统模式。甄选生态修复与重构的框架生物与功能生物，阐释关键功能生物的迁入、繁衍和稳态维持机制。在现有技术基础上突破岛礁生态系统框架生物与关键功能物种的综合繁育、养成、底播放流、养护与病/敌害防控技术，实现岛礁生态系统保护与修复技术的综合应用示范。

       研究人类活动对近海海洋生物生产过程的影响机制，阐述生物物种在群落结构、基因组进化以及分子水平对环境变动的响应，阐释食物网结构变化对食物产出的影响机理及其效应以及海洋生物环境适应的途径及方式。研究人类活动与全球变化对珊瑚礁、海草床和红树林等典型生态系统的影响机理，探索典型生态系统的修复、恢复与保育技术，建立近海关键生境的恢复与保护的示范模式。研究近岸海域生态环境重要污染物的迁移转化过程及其生态效应，探究近海污染控制技术与策略，建立基于生态安全的海洋与海岸带生态环境管理模式。