目前拥有珊瑚生理生态实验室、微生物生态实验室、海草生理生态实验室、贝类生理生态实验室、湿仪器室、干仪器室、公共实验室16间共1200平米；观测样地：三亚中科海洋研究院拥有新村湾海草床样地，鹿回头区域三亚站站前珊瑚礁生态系统观测与研究样地预申请用海3.88公顷（海域使用权申请中），三亚站海湾水体气象观测场600㎡。